中科院拒绝知网查重主要是因为知网查重工具的覆盖范围有限，无法完全覆盖中科院所需要的全面性和准确性。此外，知网查重工具可能存在一定的误差，无法满足中科院对学术诚信的高标准要求。

另外，中科院作为国家最高学术机构，拒绝知网查重也是为了鼓励学者进行原创性研究，避免简单的抄袭和剽窃行为。中科院更加注重学术的深度和广度，希望学者们能够在学术研究中保持独立思考和创新精神。