中科院拒绝知网查重主要是因为知网查重工具并不是完全可信的，有时候会出现误差，导致论文被误判为抄袭或者重复。中科院作为一家重要的科研机构，对学术诚信和原创性要求非常高，为了保证学术研究的质量和独立性，选择不使用知网查重工具是一种保守而谨慎的做法。此外，中科院自身也拥有一套完善的查重机制和审核流程，可以更好地保障学术成果的独立性和原创性。

中科院拒绝使用知网查重工具的另一个重要原因是为了保护学术研究者的隐私和知识产权。知网作为一个第三方平台，其查重工具需要上传论文内容进行比对，这可能涉及到学者的研究成果和机密信息。中科院拒绝使用知网查重，可以避免学术成果被泄露或滥用的风险，更好地保护学者的合法权益。因此，中科院拒绝知网查重是出于对学术诚信、原创性和学者隐私的考虑。